毛細血管電泳儀采用的是以彈性石英毛細管為分離通道，以高壓直流電場為驅動力，依據(jù)樣品中各組分之間淌度和分配行為上的差異而實現(xiàn)分離的電泳分離分析方法。原理是熔融石英毛細管的兩端分別浸在含有電解緩沖液的貯液瓶中，毛細管內也充滿同樣的電解緩沖液。

　　在毛細管接收端之前安裝在線檢測系統(tǒng)。被分析樣品可以從進樣系統(tǒng)采用重力法、電遷移法、抽真空法等多種進樣方式引入到毛細管的進樣端。當樣品被引入后,便開始在毛細管兩端施加電壓。樣品溶液中溶質的帶電組分在電場的作用下根據(jù)各自的荷質比向檢測系統(tǒng)方向定向遷移。

　　毛細血管電泳儀凝膠電泳分離原理：

　　凝膠電泳是凝膠移到毛細管中用為支撐物進行分離的區(qū)帶電泳。凝膠是一種固態(tài)的分散的體系。具有多孔性，類似于分子篩的作用，被分離物在通過裝入毛細管內的凝膠力，按照各自分子的體積大小逐一分離，分子體積大的首先被分離出來，適用于生物大分子的分析，可純粹按分子體種大小進行分離，以決定蛋白質的分子量，可以識別一個堿基差異的寡核苷酸，可分離DNA片段，如微衛(wèi)星分析，可改變凝膠的濃度不控制分離的范圍，如PCR產物的分析。